課程資訊
課程名稱
植物基因體學
Plant Genomics 
開課學期
108-1 
授課對象
生物資源暨農學院  作物科學組  
授課教師
董致韡 
課號
Agron5056 
課程識別碼
621 U6450 
班次
 
學分
3.0 
全/半年
半年 
必/選修
選修 
上課時間
星期五6,7,8(13:20~16:20) 
上課地點
 
備註
上課教室: 農藝館316室與劉力瑜、黃永芬合授
總人數上限:16人 
Ceiba 課程網頁
http://ceiba.ntu.edu.tw/1081Agron5056_PG 
課程簡介影片
 
核心能力關聯
核心能力與課程規劃關聯圖
課程大綱
為確保您我的權利,請尊重智慧財產權及不得非法影印
課程概述

植物基因體資訊已充分應用於基礎研究,作物育種,疾病防治等領域。隨者基因體定序工具的發展,越來越多的植物已被解序。本課程將從各個角度帶領同學認識植物基因體及其應用層面,除了介紹探勘基因體所需的技術及原理外,同時提供實作機會讓學生熟悉分析流程及基因體資源。 

課程目標
本課程可分為下列主題:
Genome Organization and Structure
Genome Assemblies
Genome Sequencing
Plant Functional Genomics
Plant Bioinformatics
Comparative Genomics
Genome Variation
Genesis of New Gene 
課程要求
待補 
預期每週課後學習時數
 
Office Hours
 
指定閱讀
待補 
參考書目
 
評量方式
(僅供參考)
   
課程進度
週次
日期
單元主題
第1週
09/13  中秋節 
第2週
09/20  Course introduction
Genome Sequencing Strategies and Methods (董致韡)
 
第3週
09/27  Genome sequencing and annotation (董致韡)
 
第4週
10/04  Plant genome structure, organization and variation (董致韡) 
第5週
10/11  國慶連假 (10/5 不補課)
 
第6週
10/18  Sequence Alignment (劉力瑜)
 
第7週
10/25  Global Gene Expression & RNAseq (劉力瑜) 
第8週
11/01  Bioinformatics: AffylmGUI & DESeq2 (劉力瑜) 
第9週
11/08  Bioinformatics: self practice (劉力瑜) 
第10週
11/15  校慶放假 
第11週
11/22  After Global Gene Expression: Systems Biology (劉力瑜)
 
第12週
11/29  Mid-term exam (50 mins)
Application of Plant Genome Variation (董致韡) 
第13週
12/06  Plant Genomic Resources (董致韡)
 
第14週
12/13  Transposable Elements (黃永芬) 
第15週
12/20  Comparative Genomics (黃永芬) 
第16週
12/27  Genesis of New Genes (黃永芬) 
第17週
01/03  Plant Genome Projects (黃永芬) 
第18週
01/10  Final report handed in deadline (黃永芬)